هیئت مدیره صندوق 7 نفر عضو اصلی و 2 نفر عضو علی البدل می باشد که هیئت امنا از بین خود یا اعضای صندوق برای مدت 2 سال انتخاب می نمایند.
هیئت مدیره جز در مواردی که به موجب اساسنامه اتخاذ تصمیم درباره آن ها در صلاحیت هیئت امنا است در سایر موارد با رعایت قوانین و مقررات ذیربط اساسنامه و مصوبات هیئت امنا دارای اختیارات لازم جهت اداره امور صندوق می باشد.
اعضا هیئت مدیره به شرح ذیل می باشند:
1- جناب آقای محمد ناصر حسینی علایی عضو هیئت مدیره و مدیر عامل صندوق
2- جناب آقای احمد زمزم بازرس صندوق
3- جناب آقای مهدی امیدی رئیس هیئت مدیره صندوق
4- سرکار خانم افراح مشهدی نائب رئیس هیئت مدیره صندوق
5- جناب آقای حسین علایی عضو هیئت مدیره و نماینده صندوق در شورای معاونین موسسه قرآن و عترت بیت الامیر علیه اسلام
6- جناب آقای سید ابوالفضل حسینی دبیر هیئت مدیره صندوق
7- سرکار خانم طیبه سرگزی عضو هیئت مدیره صندوق
8- جناب آقای مهدی اردستانی عضو هیئت مدیره صندوق
9-جناب آقای علی زرین نعل عضو علی البدل هیئت مدیره صندوق